La historia empieza con el Jefe Maestro, (quien no para de tener ininterrumpidos e inexplicables mensajes de Cortana durante el juego) despertando en una jungla africana encontrandose con el Sargento Johnson, un grupo de marines y el Inquisidor que ha formado una alianza con ellos. Juntos abren su camino por la selva peleando contra los Covenant (brutes, grunts, jackals)que han establecido un campamento ahi. Luego llegan a una base de la UNSC, hogar temporal de Miranda Keyes y Lord Hood quienes reuniendose con el Jefe y Johnson planean su proximo ataque al Profeta de la Verdad quien ha aterrizado su nave Foreunner Dreadnought en un acantilado, en el centro de una misteriosa y colosal construccion, presumiblemente el Arca.
Pero son interrumpidos por un mensaje de Verdad desalentando sus esfuerzos de supervivecia y enviando un poderoso ataque a la base. A pesar de los esfuerzos del Spartan 117 para protegerla queda semidestruida y luego el tiene que encontrarse con el pelican de la Comandante Keyes e interceptar a Verdad y el Arca recorriendo la autopista Tsavo en una warthog enfrentandose a mas soldados y vehiculos Covenant para llegar a la entrada a la ciudad de Voi.
Luego para abrir una entrada al Arca el Jefe ayudado por Hornets, Banshees y Moongoses tiene que destruir una formacion de tanques Wraith, derrotar un jerarca brute armado con una martillo de gravedad y una pareja de hunters y finalmente desmantelar un Scarab y una torreta gigante antiaerea Covenant. El y el Inquisidor logran acercarse al acantilado pero de repente la antigua ciudad Covenant Suma Caridad(ya infestada por los Flood y su lider Gravemind) hace un salto al hiperespacio llegando a la tierra y envia una nave infestada a que se estrelle a esta y los Flood toman la ciudad de Voi. El Jefe y el Inquisidor tratan de recuperarla pero se dan cuenta de que ya son demasiados y son ayudados por la flota elite que dispara un rayo de energia a Voi exitosamente repeliendolos.
Mientras tanto Johnson y un escuadron marine se infiltran en la Dreadnought para plantar una bomba y matar al Profeta y a los demas tripulantes pero son descubiertos y Johnson es capturado y su escuadron asesinado por los brutes. En su camara principal Verdad planea utilizar a Johnson para activar el Arca e iniciar el "Gran Viaje" pero es sorprendido por Miranda Keyes quien estrella su pelican justo donde el y el Sargento estan y se enfrenta a 3 brutes con una escopeta y una pistola. Logra matar a uno pero se encuentra rapidamente rodeada y Johnson le dice que lo mate para evitar que el Profeta lo utilize para su suicida plan, ella titubea lo que le da oportunidada al Jerarca de dispararle con un brute spiker a su espalda.
Mientras tanto el Spartan y el elite tambien ha llegado a la Dreadnought y combaten a las fuerzas interiores hasta que se ven forzados a formar una alianza inesperada con los guerreros Flood de Gravemind quien hablando telepaticamente con ellos les dice que su causa es la misma y que solo trabajando juntos podran evitar que Verdad dispare los anillos. Verdad amenaza a los heroes y no se da cuenta de que es consumido por formas de infeccion Flood que causan horribles mutaciones en su cuerpo. El Inquisidor lo mata clavando una espada de energia en su cuerpo. Luego Gravemind los traiciona y se apodera de la Dreadnought y el grupo escapa en el pelican llevandose el cuerpo muerto de la Comandante Keyes con ellos.
Infortunadamente, Verdad antes de su muerte logro poner la mano de Johnson en el panel principal activando la construccion y revelando no ser el Arca, si no un portal hacia ella. La flota Covenant, ahora bajo el comando de los brutes va por el seguida de cerca por la flota elite y mitad de la flota de la UNSC con la otra mitad bajo el comando de Lord Hood quedandose en la tierra para protegerla de las ultimas tropas Covenant.
El Jefe se reencuentra con 343 Guilty Spark quien estaba a bordo de una nave Elite y le promete que lo ayudara en todo lo que pueda debido a su alianza con los humanos y los Elites y porque todavia es un reinvicador, revelando que los humanos fueron descendientes de los Foreunners. El Spartan toma un desvio hacia Suma Caridad acompañado del Inquisidor y el monitor para rescatar a Cortana que habia sido torturada por Gravemind para revelarle los secretos de los anillos, los Foreunners y los humanos. Ella es de nuevo insertada en la armadura del Jefe y el grupo escapa de la estacion espacial Covenant no sin antes de que el jefe destruyera los reactores de ella haciendola explotar y aparentemente aniquilando a Gravemind que estaba a bordo.
Al pasar por el portal nuestros heroes descubren la verdadera Arca que gracias a su inteligencia artificial estaba construyendo en su centro un nuevo anillo Instalacion 04 para 343 Guilty Spark(mucho para su alegria) y para remplazar el que el Jefe destruyo en el primer Juego. Gracias a los esfuerzos unidos de los elites y los humanos la flota Covenant es totalmente diezmada antes de que pueda aterrizar en la Instalacion y el grupo si lo logra, alli rapidamente descubren que Gravemind todavia vive y esta tratando de apoderarse del anillo, haciendo una deduccion Cortana descubre que la unica manera de acabarlo efectivamente es disparando el anillo que por su incompleto estado se destruiria a si mismo matando toda la vida en el y por la falta de un indice por que el anillo todavia no habia construido uno para si mismo tendrian que usar el del anterior que Cortana habia preservado como un "souvenir".
Guiados por el monitor, el Jefe Maestro, el Inquisidor y el Sargento Johnson abren su camino hacia la sala de control pero el este al darse cuenta de que destruirian su nuevo anillo entra en un estado rampante, hiere mortalmente a Johnson con un laser y comienza un combate con el Jefe y el Inquisidor. Johnson con sus ultimos esfuerzos dispara a la coraza de 343 con un spartan laser y se lo lanza al Jefe que destruye al loco monitor con 3 disparos directos. Johnson a punto de morir por sus profundas heridas activa el anillo con el indice y les dice que dejen su cuerpo detras, no sin antes entregarle el chip que contenia a Cortana al Jefe y haciendolo prometer que no la volveria a dejar detras.
El Jefe, el elite y Cortana escapan en una warthog hacia una fragata UNSC llamada Dawn mientras el anillo se cae a pedazos a su alrededor. Ellos logran entrar al hangar de la nave mientras despega para escapar por el portal con las otras.
Lamentablemente solo la mitad superior de esta transportando al Inquisidor logra pasar mientras que la otra llevando a Cortana y al Jefe se queda detras y el portal se cierra eternamente.
Finalmente en la tierra se celebra el fin de la guerra con una victoria de la UNSC y los elites. Un monumento lamentando la perdida de muchos soldados, entre ellos Miranda Keyes, Johnson y John 117(el jefe) es construido y el Inquisidor vuelve a su planeta con el Maestro de la flota elite Rtas Vadum no sin antes darse la mano con Lord Hood en un signo de paz.
Despues de los creditos se revela que el Jefe y Cortana sobrevivieron a la destruccion de la Instalacion 04 y se encuentran flotando en la parte de la Dawn que no traspaso el portal, apagada y varada en medio de una distante galaxia. Cortana envia un mensaje de rescate que segun sus palabras podria tomar incluso años en ser encontrado y tambien ellos. El Jefe entra en criosueño en una camara especializada para Spartans y Cortana le revela que lo extrañara, pero sus ultimas palabras hacia ella antes de paralizarse criogenicamente son "despiertame cuando me necesites".
Pero son interrumpidos por un mensaje de Verdad desalentando sus esfuerzos de supervivecia y enviando un poderoso ataque a la base. A pesar de los esfuerzos del Spartan 117 para protegerla queda semidestruida y luego el tiene que encontrarse con el pelican de la Comandante Keyes e interceptar a Verdad y el Arca recorriendo la autopista Tsavo en una warthog enfrentandose a mas soldados y vehiculos Covenant para llegar a la entrada a la ciudad de Voi.
Luego para abrir una entrada al Arca el Jefe ayudado por Hornets, Banshees y Moongoses tiene que destruir una formacion de tanques Wraith, derrotar un jerarca brute armado con una martillo de gravedad y una pareja de hunters y finalmente desmantelar un Scarab y una torreta gigante antiaerea Covenant. El y el Inquisidor logran acercarse al acantilado pero de repente la antigua ciudad Covenant Suma Caridad(ya infestada por los Flood y su lider Gravemind) hace un salto al hiperespacio llegando a la tierra y envia una nave infestada a que se estrelle a esta y los Flood toman la ciudad de Voi. El Jefe y el Inquisidor tratan de recuperarla pero se dan cuenta de que ya son demasiados y son ayudados por la flota elite que dispara un rayo de energia a Voi exitosamente repeliendolos.
Mientras tanto Johnson y un escuadron marine se infiltran en la Dreadnought para plantar una bomba y matar al Profeta y a los demas tripulantes pero son descubiertos y Johnson es capturado y su escuadron asesinado por los brutes. En su camara principal Verdad planea utilizar a Johnson para activar el Arca e iniciar el "Gran Viaje" pero es sorprendido por Miranda Keyes quien estrella su pelican justo donde el y el Sargento estan y se enfrenta a 3 brutes con una escopeta y una pistola. Logra matar a uno pero se encuentra rapidamente rodeada y Johnson le dice que lo mate para evitar que el Profeta lo utilize para su suicida plan, ella titubea lo que le da oportunidada al Jerarca de dispararle con un brute spiker a su espalda.
Mientras tanto el Spartan y el elite tambien ha llegado a la Dreadnought y combaten a las fuerzas interiores hasta que se ven forzados a formar una alianza inesperada con los guerreros Flood de Gravemind quien hablando telepaticamente con ellos les dice que su causa es la misma y que solo trabajando juntos podran evitar que Verdad dispare los anillos. Verdad amenaza a los heroes y no se da cuenta de que es consumido por formas de infeccion Flood que causan horribles mutaciones en su cuerpo. El Inquisidor lo mata clavando una espada de energia en su cuerpo. Luego Gravemind los traiciona y se apodera de la Dreadnought y el grupo escapa en el pelican llevandose el cuerpo muerto de la Comandante Keyes con ellos.
Infortunadamente, Verdad antes de su muerte logro poner la mano de Johnson en el panel principal activando la construccion y revelando no ser el Arca, si no un portal hacia ella. La flota Covenant, ahora bajo el comando de los brutes va por el seguida de cerca por la flota elite y mitad de la flota de la UNSC con la otra mitad bajo el comando de Lord Hood quedandose en la tierra para protegerla de las ultimas tropas Covenant.
El Jefe se reencuentra con 343 Guilty Spark quien estaba a bordo de una nave Elite y le promete que lo ayudara en todo lo que pueda debido a su alianza con los humanos y los Elites y porque todavia es un reinvicador, revelando que los humanos fueron descendientes de los Foreunners. El Spartan toma un desvio hacia Suma Caridad acompañado del Inquisidor y el monitor para rescatar a Cortana que habia sido torturada por Gravemind para revelarle los secretos de los anillos, los Foreunners y los humanos. Ella es de nuevo insertada en la armadura del Jefe y el grupo escapa de la estacion espacial Covenant no sin antes de que el jefe destruyera los reactores de ella haciendola explotar y aparentemente aniquilando a Gravemind que estaba a bordo.
Al pasar por el portal nuestros heroes descubren la verdadera Arca que gracias a su inteligencia artificial estaba construyendo en su centro un nuevo anillo Instalacion 04 para 343 Guilty Spark(mucho para su alegria) y para remplazar el que el Jefe destruyo en el primer Juego. Gracias a los esfuerzos unidos de los elites y los humanos la flota Covenant es totalmente diezmada antes de que pueda aterrizar en la Instalacion y el grupo si lo logra, alli rapidamente descubren que Gravemind todavia vive y esta tratando de apoderarse del anillo, haciendo una deduccion Cortana descubre que la unica manera de acabarlo efectivamente es disparando el anillo que por su incompleto estado se destruiria a si mismo matando toda la vida en el y por la falta de un indice por que el anillo todavia no habia construido uno para si mismo tendrian que usar el del anterior que Cortana habia preservado como un "souvenir".
Guiados por el monitor, el Jefe Maestro, el Inquisidor y el Sargento Johnson abren su camino hacia la sala de control pero el este al darse cuenta de que destruirian su nuevo anillo entra en un estado rampante, hiere mortalmente a Johnson con un laser y comienza un combate con el Jefe y el Inquisidor. Johnson con sus ultimos esfuerzos dispara a la coraza de 343 con un spartan laser y se lo lanza al Jefe que destruye al loco monitor con 3 disparos directos. Johnson a punto de morir por sus profundas heridas activa el anillo con el indice y les dice que dejen su cuerpo detras, no sin antes entregarle el chip que contenia a Cortana al Jefe y haciendolo prometer que no la volveria a dejar detras.
El Jefe, el elite y Cortana escapan en una warthog hacia una fragata UNSC llamada Dawn mientras el anillo se cae a pedazos a su alrededor. Ellos logran entrar al hangar de la nave mientras despega para escapar por el portal con las otras.
Lamentablemente solo la mitad superior de esta transportando al Inquisidor logra pasar mientras que la otra llevando a Cortana y al Jefe se queda detras y el portal se cierra eternamente.
Finalmente en la tierra se celebra el fin de la guerra con una victoria de la UNSC y los elites. Un monumento lamentando la perdida de muchos soldados, entre ellos Miranda Keyes, Johnson y John 117(el jefe) es construido y el Inquisidor vuelve a su planeta con el Maestro de la flota elite Rtas Vadum no sin antes darse la mano con Lord Hood en un signo de paz.
Despues de los creditos se revela que el Jefe y Cortana sobrevivieron a la destruccion de la Instalacion 04 y se encuentran flotando en la parte de la Dawn que no traspaso el portal, apagada y varada en medio de una distante galaxia. Cortana envia un mensaje de rescate que segun sus palabras podria tomar incluso años en ser encontrado y tambien ellos. El Jefe entra en criosueño en una camara especializada para Spartans y Cortana le revela que lo extrañara, pero sus ultimas palabras hacia ella antes de paralizarse criogenicamente son "despiertame cuando me necesites".
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